nucloephilic attack of the Asp carbonyl by the N-terminal peptide bond nitrogen of the N+1 residue chem.

[dao2812]

For Asp isomerization, multiple variables related to potentially labile Asp residues were generated from MD trajectories. Consistent with the Asp isomerization mechanism (see, e.g., Wakankar, A.A. et al. Aspartate isomerization in the complementarity determining regions of two closely related monoclonal antibodies. Biochemistry 46, 1534-1544 (2007)) (nucloephilic attack of the Asp carbonyl by the N-terminal peptide bond nitrogen of the N+1 residue), the following properties were examined: (1) time average SASA for all Asp residues (SASA_Asp), the main chain N atom of the n+1 residue (SASA (n+1), N), and H atom of the n+1 residue (SASA (n+1), H) of Asp residues; (2) intra-residue mutual information (MI) for Asp residues; (3) Shannon entropy for φ-ψ distributions; and (4) Root-mean-square fluctuations for Cα atoms (RMSF).

Как можно понять и перевести это горе: nucloephilic attack of the Asp carbonyl by the N-terminal peptide bond nitrogen of the N+1 residue

Спасибо!

[гарпия]

нуклеофильная атака на карбонильный углерод аспарагиновой кислоты входящим в пептидную связь N+1 атомом азота N-конца

[dao2812]

спасибо! еще бы понять, что есть intra-residue mutual information (MI) for Asp residues))

[dao2812]

такой вариант возможен:

нуклеофильная атака на карбонильный углерод Asp атомом азота пептидной связи между N-концевым аминокислотным остатком и N+1 аминокислотным остатком?

[гарпия]

asp -- остаток номер n
следующий (adjacent) за ним с N-конца остаток -- остаток номер n+1

[dao2812]

т.е. такой вариант возможен или нет? что-то запутался совсем)

[гарпия]

я думаю нет
где тогда находится asp?
азот пепт. связи между n и n+1 принадлежит остатку n, а в тексте это остаток n+1

[dao2812]

"nitrogen of the N+1 residue"

если слева направо: N-конец пептида. здесь нах. аспарагин. за ним следует N+1. между ними пептидная связь. атом азота от остатка N+1 атакует карб группу остатка N

[dao2812]

или сначала N-конец, затем N+1 остаток, затем только асп?

[Tante B]

http://www.molbiol.ru/forums/

[гарпия]

нумерация пептида с N-конца даётся
значит, если asp атакуется adjacent а/к остатком, кот. есть n+1, то тогда asp - остаток n.

NH2-CH(R1)-C(=O)-||-NH-CH(R2)-C(=O)-||-NH-CH(R3)-C(=O)-||-NH-CH(R4)-C(=O)-||-

например, если у вас asp = R3, то его будет атаковать азот пептидной связи а/к остатка n+1, т.е. а/к с радикалом R4.

значит, сначала N конец, потом asp, потом а/к n+1

да, как вы написали в 1:13
я уже сама запуталась :)

[kinvel]

Это не пептидная связь N-концевого остатка, а пептидная связь остатка n+1 со стороны N-конца. Т.е.:

нуклеофильная атака на карбонильный углерод Asp атомом азота N-концевой пептидной связи остатка n+1.