bins are defined by a 30 grids and φ-ψ distributions biophys.

[dao2812]

Shannon entropy for φ-ψ distributions is calculated as S = -∑_({φ_i,ψ_j bins})▒〖p(i,j)log(p(i,j))〗, where p(i,j) is the probability of finding {φ,ψ} in bin {φi,ψj}, the bins are defined by a 30 grids and φ-ψ distributions are from g_rama; g_rsmf, g_hbond, and dssp of GROMACS were employed to calculate the root mean square fluctuations, the hydrogen bonds, and the secondary structure status, respectively

энтропию Шэннона для распределений φ-ψ расчитывают как S = -∑_({φ_i,ψ_j bins})▒〖p(i,j)log(p(i,j))〗, где p(i,j) представляет собой вероятность обнаружения {φ,ψ} в.....{φi,ψj}, ...... определяются по .....30 grids и распределения φ-ψ получают из g_rama; g_rsmf

Что значит bins в данной формуле? и как перевести bins are defined by a 30 grids

Спасибо!

[dao2812]

описание здесь: https://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf?docId=WO2015081176&recNum=1&maxRec=&office=&prevFilter=&sortOption=&queryString=&tab=PCTDescription

[alk]

http://www.nature.com/articles/srep11740
...
In this work, conformational entropy is calculated in terms of Shannon entropy which may be expressed as,

where Pi is the fraction of amino acids present in the i^th bin for a specific range of ϕ - ψ angles of a given peptide segment.

Если анализируемое семейство включает большое число белков (большая выборка), для каждой j-ой позиции можно рассчитать вероятность Pj нахождения в этой позиции j-ой аминокислоты, задаваемой «шаблоном». Для этого подсчитывается, сколько раз данная аминокислота встречается в конкретной позиции для всего семейства, и это число делится на общее количество анализируемых представителей семейства. В биоинформатике для оценки инвариантности (или консервативности) положение j-ой аминокислоты полипептидной цепи используется функция — энтропия Шеннона — интегральная характеристика вероятностного процесса.

Источник: http://www.nazdor.ru/topics/medicine/western/current/450493/

http://www.chem.msu.su/rus/teaching/kolman/72.htm

[dao2812]

bin - что это? )

[alk]

имхо, аминокислотный остаток, звено, каждая аминокислота в цепочке полипептида
http://www.ioffe.ru/get_file.php?dir=theses/avtoref&file=Thes_0305.pdf

[dao2812]

а что значит тогда bins are defined by a 30 grids? здесь 0 - значок градуса