по выставленным инвойсам

[Виола]

производится сверка взаиморасчетов внутри Компании между Головным офисом и Филиалом по выставленным инвойсам Компании

как тут перевести - по выставленным инвойсам
against the issued invoices

[Рудут]

imho
based on the invoices issued by the Company

[plast]

or
invoices raised by the head office